ALASAN TEKNIK BIOPROSES BRAWIJAYA MASUK FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

Hai hai calon Rantauw yang budiman dimana pun kalian berada. Kali ini ane bakal ngebahas pertanyaan yang selalu saja dilontarkan kepada ane di akun sosmed ane. Sampe ane harus berjuta-juta kali menjawabnya. Eheheheh.. Nanya sih nanya, tapi cuapek Brooooh!!


Jadi biar pertanyaannya gak ngulang-ngulang, ane coba rangkumkan dalam satu postingan. Semua jawaban bersumber dari dekan FTP UB, Pak Bambang Susilo atau biasa dipanggil Papi Bamsus, dari dosen-dosen TEP, serta dari buku panduan akademik Universitas Brawijaya. Intinya, jawaban ane ini bersumber dari sumber-sumber terpercaya yang bisa dipertanggung jawabkan. Ehehehe..
*alay


Okeh, gak usah banyak cingcong, kita begin tanya-tanya di mari.

 

Kak, kak, kak.. Maaf neh nanya terus. Ane masih galau kak. Ane dah baca postingan kakak tentang perbedaan teknik bioproses dengan teknologi bioproses, tapi ane masih galau. Kok bisa ya Teknik Bioproses yang TEKNIK masuk di Fakultas Teknologi Pertanian? Gak salah tuh?? PERTANIANN???
Weeeits!! Jangan syok galau bersimbah darah dulu. Memang benar Teknik Bioproses (kepanjangan, kita singkat TBP aja yoo) masuk di Fakultas Teknologi Pertanian (kepanjangan juga, kita singkat jadi FTP). Itu gak aneh, dan gak salah. Ane dulu juga syok dan sempat menggalau juga di tahun pertama ane. Sampai-sampai satu angkatan ikutan menggalau. Sampai akhirnya anak-anak TBP seluruh angkatan berinisiatif mengadakan sarasehan buat meluruskan kegalauan.


Eh, what? Sarasehan ? Opo iku? Isinya apa aja kak? Mungkinkan kegalauan kakak semua terjawab semua disana?
Yups! Sarasehan yang digelar khusus buat TBP menjawab semua pertanyaan galau yang dilontarkan. Semua pertanyaan dijawab langsung secara official oleh Dekan FTP dan dosen-dosen TEP UB. Ane juga sempet nanya kenapa TBP bisa di FTP.


Wah, keren. Itu pertanyaan ane tuh. Kok bisa kak TBP masuk FTP? Apa jangan-jangan TBP masuk FTP itu cuma karena khilaf belaka?
Ane juga kirain tuh cuma khilaf doang, yang sewaktu-waktu bakal dipindah ke Teknik. Tapi papi dekan ngejelasin kalo TBP akan tetap di FTP dan memang wajar seperti itu. Katanya sih ya, Bioproses di seluruh dunia itu mempunyai banyak cabang. Ada di kimia, ada di pertanian dan lingkungan, dan ada di medis.  Sek kita jelasin satu-satu :

1. Bioproses yang bernaung di kimia
Yah seperti yang ada di UI, namanya Teknologi Bioproses UI. Contoh lain :University of Missouri, ESF University of New York.

2. Bioproses yang masuk medis
banyak di negara-negara kayak Amerika. Ane lupa contohnya kemaren apa, tapi kalo gak salah sih UCL. Dia masuk ke departemen Bioemedical Engineering.

3. Dan bioproses yang masuk pertanian dan lingkungan
Kayak di UB masuk di Teknologi Pertanian juga banyak di negara Jepang contohnya di Universitas Kyoto. Jadi gak aneh kalo TBP di UB masuk ke FTP. Geetoooh!!
contoh lain : Universitas Illinois

Jadi TBP yang masuk ke Teknologi Pertanian tuh gak cuma UB seorang sendirian semata wayang didunia ini. Ada banyak TBP yang nyasar-nyasar ke Pertanian, bahkan ada yang nyasar ke industri kertas dan komputer. Dasyat!! Kalo gak percaya silahkan browsing deh . Ehehehe..

Oooh.. Baru tau kalo Bioproses itu cabangnya banyak. Jadi TBP UB gak nyeleneh dong kak? Ow, ow, ow.. Tapi tapi TAPII!! Dari sekian banyak cabang, kenapa kok milih pertanian? Aduh duh, maap ane masih gak terima kenapa TBP masuk FTP.
 Hufft.. (sabar, sabar). Jadi gini ceritanya,
*jeng jeng jeng (tiba-tiba gelap dan ada petir menyambar)

Awal mula kelahiran TBP UB 4 tahun yang lalu itu adalah unsur ketidaksengajaan. Rancangan awalnya sih TBP diajuin ke rektorat buat dijadiin minat doang, jadi tetap dibawah prodi Keteknikan Pertanian (TEP). Tapi oh tapi, orang rektor malah memberi izin buat TBP dijadiin prodi sendiri dengan dibawah JURUSAN Keteknikan Pertanian.  So, kejadian ini membuat jurusan TEP memiliki tiga prodi, yaitu TEP murni, TSAL, dan adeknya yang terbaru adalah TBP.

Kenapa harus FTP? Gini loh ya, melihat kulitas TEP UB yang paling yahud se-Indonesia dengan akreditasi A oleh BAN-PT, membuat TEP melakukan prinsip manajemen bisnis. Untuk membuat sebuah prodi baru itu tidak mudah. Setelah sebuah prodi terbentuk, yang paling susah adalah mempertahankannya agar tetap bertahan. Prodi yang berada dibawah naungan jurusan yang memiliki akreditasi yang tidak jelas, hanya akan menjadi prodi yang miskin peminat. Dalam arti lain tidak ada mahasiswa yang mau kuliah disana. Akhirnya? Prodi tersebut akan dihilangkan dan dibatalkan.

Nah, TEP memenuhi syarat dengan akreditasinya yang cetar membahana badai dan juga dengan beragam prestasi yang ditorehkan. Maka tidak susah untuk menjaring mahasiswa karena meski TBP masih belum memiliki akreditasi, akreditasi TEP yang A akan membantu mahasiswa saat kelulusan.


Eh, maap kak ane gak ngerti yang bagian akreditasi gituan. Bisa tolong dijelasin lebih rinci?
Jadi, ketika akreditasi TBP belum ada, maka kan gak mungkin untuk menyiapkan lulusan. Oleh karena itu sementara TBP akan masuk di minat, dengan akreditasi jurusannya yaitu TEP. Lulusannya akan bertuliskan "Lulusan Jurusan Keteknikan Pertanian minat Teknik Bioproses". Dan tenang aja, karena akeditasi TEP A, jadi ijazah kita akan bertuliskan akreditasi A juga.
Nah, ketika prodi TBP sudah memiliki akreditasi, maka akreditasi yang akan kita dapatkan adalah akreditasi prodi.

Gak usah galau karena TBP prodi baru. Fakultas kita melakukan yang terbaik untuk mahasiswanya. Yang harus kita lakukan hanyalah belajar dan berprestasi.

(poto pas pameran tugas besar praktikum gambar teknik)

Hmm, ane understood. Balik ke pertanyaan awal, kok pertanian sih?
Yaampun dek, masih gak terima setelah mendengat penjelasan ane?
Jawabannya yah, karena spesisalisasi. Seperti yang kita tahu, cakupan bioproses itu sangaaaaaaaat luas. Seluas samudra dan langit diangkasa. Karena terlalu luas, jadi kita membutuhkan spesialisasi. Kita tidak mungkin mempelajari semua cabang bersamaan. Yah seperti saya jelaskan tadi jurusan TEP adalah jurusan yang mengurusin teknik-teknik pertanian, so pasti TBP juga gitu. Akan tetapi, TBP lebih fokus pada produk pertanian dan proses pengolahannya. Seperti rancangan alat bioproses, proses fermentasi pangan, pengolahan limbah bioproses. Gitu gitu deh.

Kenapa gak masuk teknik?
Karena teknik cuma belajar alat dan gak belajar living material.

Kenapa teknik pertanian?
Karena mempelajari ilmu teknik, dan ada juga biological proses.

Kenapa gak masuk biologi dan pangan?
Karena disana tidak belajar teknik tapi hanya mempelajari proses.

Intinya, TBP UB udah beneeer banget masuk ke FTP. Di FTP kita mempelajari keduanya, baik keteknikan dan proses. Makanya itulah alasan kenapa TBP gak di teknik.
Ngerti? Understood??
*naik darah

Ehehehe.. Oke kak. Saya mengerti se-mengerti mengertinya. Gak bakal galau lagi. Ane jadi tambah yakin buat milih TBP UB. Semoga ane bisa tetep kukuh dengan pilihan ane ini.
Alhamdulillah, akhirnya ngerti juga. Hiks, ane terharu. Tolong disebarin yah penjelasan ane ini, biar pada ngerti dan gak galau lagi. TAPII, mohon dengan sangat cantumin sumbernya yah. Ane rada nyesek pas lihat di google banyak blog mahasiswa lain yang copas post ane tanpa nyantumin sumber. Ngaku-ngaku tulisannya gitu.
Semoga Allah membalas apa yang telah mereka perbuat ya.

Iya kak, ane bakal nyantumin sumber kok. Ane juga bakal doain semoga orang-orang gak tahu diri itu tobat dan mendapatkan balasan yang setimpal. Tengkyu kakak buat semua nya. Lope yu so much :*
Ahahaha.. Lop yu too :-D

TUGAS DASAR BIOTEKNOLOGI 2014

1.                  Apa kepanjangan dari PCR? Jelaskan pengertiannya!

PCR adalah Polymerase Chain Reaction, yaitu merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan bantuan enzim DNA polymerase.

2.                  Apa saja macam-macam PCR? Apa perbedaannya?

Macam-macam PCR yaitu :

a.                   Real-Time PCR (Quantitative Real time Polymerase Chain  Reaction atau Q-PCR)

b.                  Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

c.                   Nested PCR

d.                   Multiplex-PCR

e.                    PCR-ELISA

Tabel 1. Perbedaan antara PCR

Real-Time PCR	RT-PCR	Nested PCR	Multiplex-PCR	PCR-ELISA
digunakan untuk mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus kuantifikasi (menghitung) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi tersebut	RT-PCR peting digunakan sebagai alat diagnostik untuk mendeteksi dan menentukan serotipe virus, sebagai informasi untuk studi epidemiologi.	nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam melakukan amplifikasi	Multiplex PCR merupakan beberapa set primer dalam campuran PCR tunggal untuk menghasilkan amplikon dari berbagai ukuran yang spesifik untuk sekuens DNA yang berbeda	PCR-ELISA merupakan metode yang digunakan untuk menangkap asam nukleat yang meniru prinsip dari enzim linked immunosorbant yang terkait.
deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi	Proses RT PCR dibantu oleh enzim Reverse Transcriptase	Mekanisme kerja dari nested PCR sendiri yakni pada Fase Denaturasi	informasi tambahan dapat diperoleh dari lari-tes tunggal yang tidak akan membutuhkan beberapa kali reagen	dalam sebuah pengujian hibridisasi hasil produk dari PCR akan terdeteksi dengan metode ini
hanya menggunakan 1 pasang primer	hanya menggunakan 1 pasang primer	pada nested PCR digunakan 2 pasang primer	hanya menggunakan 1 pasang primer	hanya menggunakan 1 pasang primer
Waktu reaksi lebih cepat karena hanya diakukan 1 kali reaksi	Waktu reaksi lebih cepat karena hanya diakukan 1 kali reaksi	Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada PCR biasa karena pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR	Waktu reaksi lebih cepat karena hanya diakukan 1 kali reaksi	Waktu reaksi lebih cepat karena hanya diakukan 1 kali reaksi
sumber sampel yang digunakan adalah DNA yang diekstrak dari sel	sampel yang digunakan bukan DNA melainkan RNA	sumber sampel yang digunakan adalah DNA yang diekstrak dari sel	sumber sampel dari sel yang digunakan adalah DNA yang diekstrak dari sel	sumber sampel yang digunakan adalah DNA yang diekstrak

3.                  Jelaskan prinsip kerja Real Time PCR!

Real Time mengikuti prinsip umum reaksi PCR, utamanya adalah DNA yang telah diamplifikasi dihitung setelah diakumulasikan dalam reaksi secara real time sesudah setiap siklus amplifikasi selesai.

4.                  Jelaskan prinsip kerja Reverse Transkriptase PCR!

Pertama-tama RNA diubah dulu menjadi DNA dengan menggunkan enzime reverse transcriptase yang disebut dengan komplemen DNA (cDNA) . dalam hal ini disintesis cDNA dari perpasangan anatar gugus basa U dan A serta G dan C. Dari cDNA inilah dilipat gandakan segemn DNA yang mirip urutan basa nukleotidanya dengan RNA, hanya U diganti kembali ke T. Karena adanya penambahan proses sintesis cDNA, tahapan proses PCR bertambah pula. Tahap pertama terjadi proses anneling untuk memasangkan primer untuk memperpanjang segmen cDNA. Setelah terbentuk segmen cDNA ini, baru kemudian masuk kepada proses PCR biasa.

5.                  Jelaskan prinsip kerja ELISA!

Pertama antigen atau antibodi yang hendak diuji ditempelkan pada suatu permukaan yang berupa microtiter. Penempelan tersebut dapat dilakukan melalui dua cara, yaitu penempelan secara non spesifik dengan adsorbs ke permukaan microtiter, dan penempelan secara spesifik dengan menggunakan antibody atau antigen lain yang bersifat spesifik dengan antigen atau antibodi yang diuji (cara ini digunakan pada teknik ELISA sandwich). Selanjutnya antibodi atau antigen spesifik yang telah ditautkan dengan suatu enzim signal (disesuaikan dengan sampel => bila sampel berupa antigen, maka digunakan antibodi spesifik , sedangkan bila sampel berupa antibodi, maka digunakan antigen spesifik) dicampurkan ke atas permukaan tersebut, sehingga dapat terjadi interaksi antara antibodi dengan antigen yang bersesuaian. Kemudian ke atas permukaan tersebut dicampurkan suatau substrat yang dapat bereaksi dengan enzim signal. Pada saat substrat tersebut dicampurkan ke permukaan, enzim yang bertaut dengan antibodi atau antigen spesifik yang berinteraksi dengan antibodi atau antigen sampel akan bereaksi dengan substrat dan menimbulkan suatu signal yang dapat dideteksi. Pda ELISA flourescense misalnya, enzim yang tertaut dengan antibodi atau antigen spesifik akan bereaksi dengan substrat dan menimbulkan signal yang berupa pendaran flourescense.

6.                  Jelaskan mengenai DNA sekuensing!

Sequencing adalah penentuan urutan  basa DNA dalam segmen molekul DNA yang relatif pendek . Pengurutan ( sequencing ) asam nukleat memungkinkan kita mengetahui kode genetic dari molekul DNA. DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR, namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu. Proses ini dinamakan cycle sequencing.

7.                  Jelaskan pengertian hibridisasi!

Dalam biologi molekular, hibridisasi adalah pembentukan ikatan dupleks stabil antara dua rangkaian nukleotida yang saling komplementer melalu perpasangan basa N. Hibridisasi dapat menunjukkan suatu keseragaman sekuens. Pasangan DNA–DNA, DNA–RNA, atau RNA–RNA dapat terbentuk melalui proses ini

8.                  Jelaskan prinsip kerja southern blood!

DNA sampel sebelum atau setelah pencernaan enzim restriksi dipisahkan dengan elektroforesis gel dan kemudian ditransfer ke membran dengan blotting melalui aksi kapiler. Membran tersebut kemudian terkena probe DNA berlabel yang memiliki urutan basa pelengkap untuk urutan DNA pada bunga. Kebanyakan protokol asli yang digunakan label radioaktif, namun non-radioaktif alternatif yang sekarang tersedia. Southern blotting kurang umum digunakan dalam ilmu laboratorium karena kapasitas teknik lain, seperti PCR, untuk mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Bercak ini masih digunakan untuk beberapa aplikasi, bagaimanapun, seperti mengukur jumlah salinan transgen pada tikus transgenik, atau rekayasa gen sel induk garis KO embrio.

9.                  Jelaskan prinsip kerja northern blood!

Dalam proses ini RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan kemudian ditransfer ke membran yang kemudian diperiksa dengan pelengkap berlabel urutan kepentingan. Hasilnya dapat digambarkan melalui berbagai cara tergantung pada label yang digunakan, namun hasil yang paling dalam penyataan band yang mewakili ukuran RNA terdeteksi dalam sampel. Intensitas band-band ini berkaitan dengan jumlah RNA target dalam sampel yang dianalisis. Prosedur ini umumnya digunakan untuk mempelajari kapan dan berapa banyak ekspresi gen yang terjadi dengan mengukur berapa banyak bahwa RNA hadir dalam sampel yang berbeda. Ini adalah salah satu alat yang paling dasar untuk menentukan pada waktu apa, dan dalam kondisi apa, gen-gen tertentu yang dinyatakan dalam jaringan hidup.

10.              Jelaskan prinsip kerja western blood!

Protein yang pertama dipisahkan oleh ukuran, dalam gel tipis terjepit di antara dua pelat kaca dalam teknik yang dikenal sebagai SDS-PAGE (natrium sulfat dodesil poliakrilamida elektroforesis gel). Protein dalam gel kemudian ditransfer ke PVDF, nitroselulosa, membran nilon atau dukungan lainnya. Membran ini kemudian bisa dideteksi dengan solusi antibodi. Antibodi yang secara khusus mengikat protein yang menarik kemudian dapat divisualisasikan oleh berbagai teknik, termasuk produk berwarna, chemiluminescence, atau autoradiografi. Seringkali, antibodi diberi label dengan enzim. Ketika substrat chemiluminescent terkena enzim itu memungkinkan deteksi. Menggunakan teknik western blotting memungkinkan deteksi tidak hanya tetapi juga analisis kuantitatif.