1.
Apa
kepanjangan dari PCR? Jelaskan pengertiannya!
PCR adalah Polymerase Chain Reaction, yaitu merupakan
reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan bantuan
enzim DNA polymerase.
2.
Apa
saja macam-macam PCR? Apa perbedaannya?
Macam-macam
PCR yaitu :
a.
Real-Time
PCR (Quantitative Real time Polymerase Chain Reaction atau Q-PCR)
b.
Reverse
Transcriptase-Polymerase Chain
Reaction (RT-PCR)
c.
Nested PCR
d.
Multiplex-PCR
e.
PCR-ELISA
Tabel 1. Perbedaan antara PCR
|
Real-Time PCR
|
RT-PCR
|
Nested PCR
|
Multiplex-PCR
|
PCR-ELISA
|
|
digunakan untuk mengamplifikasi
(memperbanyak) sekaligus kuantifikasi (menghitung) jumlah target molekul DNA
hasil amplifikasi tersebut
|
RT-PCR peting digunakan sebagai alat
diagnostik untuk mendeteksi dan menentukan serotipe virus, sebagai informasi
untuk studi epidemiologi.
|
nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam
melakukan amplifikasi
|
Multiplex PCR merupakan beberapa set
primer dalam campuran PCR tunggal untuk menghasilkan amplikon dari berbagai
ukuran yang spesifik untuk sekuens DNA yang berbeda
|
PCR-ELISA merupakan metode yang digunakan
untuk menangkap asam nukleat yang meniru prinsip dari enzim linked
immunosorbant yang terkait.
|
|
deteksi keberadaan DNA dilakukan pada
akhir reaksi
|
Proses RT PCR dibantu oleh enzim Reverse
Transcriptase
|
Mekanisme kerja dari nested PCR sendiri
yakni pada Fase Denaturasi
|
informasi tambahan dapat diperoleh dari
lari-tes tunggal yang tidak akan membutuhkan beberapa kali reagen
|
dalam sebuah pengujian hibridisasi hasil
produk dari PCR akan terdeteksi dengan metode ini
|
|
hanya menggunakan 1 pasang primer
|
hanya menggunakan 1 pasang primer
|
pada nested PCR digunakan 2 pasang primer
|
hanya menggunakan 1 pasang primer
|
hanya menggunakan 1 pasang primer
|
|
Waktu reaksi lebih cepat karena hanya
diakukan 1 kali reaksi
|
Waktu reaksi lebih cepat karena hanya
diakukan 1 kali reaksi
|
Waktu yang
diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada PCR biasa karena pada
nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR
|
Waktu reaksi lebih cepat karena hanya
diakukan 1 kali reaksi
|
Waktu reaksi lebih cepat karena hanya
diakukan 1 kali reaksi
|
|
sumber sampel yang digunakan adalah DNA
yang diekstrak dari sel
|
sampel yang digunakan bukan DNA melainkan
RNA
|
sumber sampel yang digunakan adalah DNA
yang diekstrak dari sel
|
sumber sampel dari sel yang digunakan
adalah DNA yang diekstrak dari sel
|
sumber sampel yang digunakan adalah DNA
yang diekstrak
|
3.
Jelaskan
prinsip kerja Real Time PCR!
Real Time mengikuti prinsip umum reaksi
PCR, utamanya adalah DNA yang telah diamplifikasi dihitung setelah
diakumulasikan dalam reaksi secara real time sesudah setiap siklus amplifikasi
selesai.
4.
Jelaskan
prinsip kerja Reverse Transkriptase PCR!
Pertama-tama RNA diubah dulu menjadi DNA
dengan menggunkan enzime reverse transcriptase yang disebut dengan komplemen
DNA (cDNA) . dalam hal ini disintesis cDNA dari perpasangan anatar gugus basa U
dan A serta G dan C. Dari cDNA inilah dilipat gandakan segemn DNA yang mirip
urutan basa nukleotidanya dengan RNA, hanya U diganti kembali ke T. Karena
adanya penambahan proses sintesis cDNA, tahapan proses PCR bertambah pula.
Tahap pertama terjadi proses anneling untuk memasangkan primer untuk
memperpanjang segmen cDNA. Setelah terbentuk segmen cDNA ini, baru kemudian
masuk kepada proses PCR biasa.
5.
Jelaskan
prinsip kerja ELISA!
Pertama antigen atau antibodi yang
hendak diuji ditempelkan pada suatu permukaan yang berupa microtiter.
Penempelan tersebut dapat dilakukan melalui dua cara, yaitu penempelan secara
non spesifik dengan adsorbs ke permukaan microtiter, dan penempelan secara
spesifik dengan menggunakan antibody atau antigen lain yang bersifat spesifik
dengan antigen atau antibodi yang diuji (cara ini digunakan pada teknik ELISA
sandwich). Selanjutnya antibodi atau antigen spesifik yang telah ditautkan
dengan suatu enzim signal (disesuaikan dengan sampel => bila sampel berupa
antigen, maka digunakan antibodi spesifik , sedangkan bila sampel berupa
antibodi, maka digunakan antigen spesifik) dicampurkan ke atas permukaan
tersebut, sehingga dapat terjadi interaksi antara antibodi dengan antigen yang
bersesuaian. Kemudian ke atas permukaan tersebut dicampurkan suatau substrat
yang dapat bereaksi dengan enzim signal. Pada saat substrat tersebut
dicampurkan ke permukaan, enzim yang bertaut dengan antibodi atau antigen
spesifik yang berinteraksi dengan antibodi atau antigen sampel akan bereaksi
dengan substrat dan menimbulkan suatu signal yang dapat dideteksi. Pda ELISA
flourescense misalnya, enzim yang tertaut dengan antibodi atau antigen spesifik
akan bereaksi dengan substrat dan menimbulkan signal yang berupa pendaran
flourescense.
6.
Jelaskan
mengenai DNA sekuensing!
Sequencing
adalah penentuan urutan basa DNA dalam segmen molekul DNA yang relatif
pendek . Pengurutan ( sequencing ) asam nukleat memungkinkan kita mengetahui
kode genetic dari molekul DNA. DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase
Chain Reaction) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa
ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian
diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR,
namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu. Proses ini dinamakan cycle
sequencing.
7.
Jelaskan
pengertian hibridisasi!
Dalam biologi molekular, hibridisasi
adalah pembentukan ikatan dupleks stabil antara dua rangkaian nukleotida yang
saling komplementer melalu perpasangan basa N. Hibridisasi dapat menunjukkan suatu
keseragaman sekuens. Pasangan DNA–DNA, DNA–RNA, atau RNA–RNA dapat terbentuk
melalui proses ini
8.
Jelaskan
prinsip kerja southern blood!
DNA sampel sebelum atau setelah pencernaan
enzim restriksi dipisahkan dengan elektroforesis gel dan kemudian ditransfer ke
membran dengan blotting melalui aksi kapiler. Membran tersebut kemudian terkena
probe DNA berlabel yang memiliki urutan basa pelengkap untuk urutan DNA pada
bunga. Kebanyakan protokol asli yang digunakan label radioaktif, namun
non-radioaktif alternatif yang sekarang tersedia. Southern blotting kurang umum
digunakan dalam ilmu laboratorium karena kapasitas teknik lain, seperti PCR,
untuk mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Bercak ini masih
digunakan untuk beberapa aplikasi, bagaimanapun, seperti mengukur jumlah
salinan transgen pada tikus transgenik, atau rekayasa gen sel induk garis KO
embrio.
9.
Jelaskan
prinsip kerja northern blood!
Dalam
proses ini RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan kemudian ditransfer ke membran
yang kemudian diperiksa dengan pelengkap berlabel urutan kepentingan. Hasilnya
dapat digambarkan melalui berbagai cara tergantung pada label yang digunakan,
namun hasil yang paling dalam penyataan band yang mewakili ukuran RNA terdeteksi
dalam sampel. Intensitas band-band ini berkaitan dengan jumlah RNA target dalam
sampel yang dianalisis. Prosedur ini umumnya digunakan untuk mempelajari kapan
dan berapa banyak ekspresi gen yang terjadi dengan mengukur berapa banyak bahwa
RNA hadir dalam sampel yang berbeda. Ini adalah salah satu alat yang paling
dasar untuk menentukan pada waktu apa, dan dalam kondisi apa, gen-gen tertentu
yang dinyatakan dalam jaringan hidup.
10.
Jelaskan
prinsip kerja western blood!
Protein yang pertama dipisahkan oleh
ukuran, dalam gel tipis terjepit di antara dua pelat kaca dalam teknik yang
dikenal sebagai SDS-PAGE (natrium sulfat dodesil poliakrilamida elektroforesis
gel). Protein dalam gel kemudian ditransfer ke PVDF, nitroselulosa, membran
nilon atau dukungan lainnya. Membran ini kemudian bisa dideteksi dengan solusi
antibodi. Antibodi yang secara khusus mengikat protein yang menarik kemudian
dapat divisualisasikan oleh berbagai teknik, termasuk produk berwarna,
chemiluminescence, atau autoradiografi. Seringkali, antibodi diberi label
dengan enzim. Ketika substrat chemiluminescent terkena enzim itu memungkinkan
deteksi. Menggunakan teknik western blotting memungkinkan deteksi tidak hanya
tetapi juga analisis kuantitatif.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar